Aujourd'hui, la Margherita est l'une des pizzas les plus populaires. Avec l'introduction d'ingrédients tels que des fromages de qualité supérieure, des légumes frais, de la charcuterie et des épices, elle s'est transformée en une pizza gastronomique. La recette classique demande une base de pâtes, une sauce tomate, de la mozzarella fraîche et du basilic, mais certains restaurants proposent des variantes originales telles que des sauces à base de champignons, d'aubergines, de piments et de jambon. Des variantes végétariennes de la pizza Margherita sont également disponibles en utilisant des ingrédients tels que des tranches d'aubergines, des olives feuilletées ou même des épinards.